Cuộc đời ngài gắn liền với giai đoạn đầy biến động và thăng trầm của Phật giáo Việt Nam nửa cuối thế kỷ XX.

Xuất thân và hành trạng của Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết phần lớn tại cố đô Huế - quê hương và là nơi ngài đã xuất gia, tu học cũng như gửi lại vĩnh viễn huyễn thân ở vườn chùa Tường Vân, nơi mà năm lên 9 tuổi, ngài đã thế phát xuất gia. Mặc dù vậy, trên các cương vị của vị lãnh đạo cao nhất của Phật giáo Việt Nam đương thời, Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết lại có thời gian gắn liền với mảnh đất Sài Gòn.

Hội nghị Phật giáo toàn quốc được tổ chức từ ngày 6 đến ngày 9-5-1951 với sự góp mặt của 6 tập đoàn Tăng-già và cư sĩ Phật giáo 3 miền Bắc - Trung - Nam đã đưa đến việc thành lập Tổng hội Phật giáo Việt Nam. Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết được suy tôn vào ngôi vị Hội chủ để lãnh đạo phong trào thống nhất Phật giáo. Trụ sở Ban Quản trị Trung ương được đặt tại chùa Từ Đàm (Huế).

Đến năm 1956, Đại hội kỳ II của Tổng hội Phật giáo Việt Nam họp liên tiếp 5 ngày tại chùa Ấn Quang. Tại đây, 3 vị Trị sự trưởng của 3 Giáo hội Tăng-già và 3 vị Hội trưởng của 3 Hội Phật học cư sĩ đã đại diện cung thỉnh Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết tái nhận chức Hội chủ. Cũng trong Đại hội lần này, trụ sở của Ban Quản trị Trung ương được thống nhất dời vào chùa Ấn Quang (Sài Gòn).

Trong Pháp nạn Phật giáo 1963, trước chính sách bất công của chính quyền Ngô Đình Diệm đối với Phật giáo, một Ủy ban Liên phái Bảo vệ Phật giáo được thành lập nhằm lãnh đạo phong trào tranh đấu bất bạo động của Tăng Ni, Phật tử. Trong thời gian này, Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết rời Huế vào Sài Gòn, lưu trú tại chùa Xá Lợi - trụ sở của Ủy ban, đồng thời là trung tâm của cuộc tranh đấu bất bạo động để trực tiếp lãnh đạo phong trào.

Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết trong tang lễ Bồ-tát Thích Quảng Đức tổ chức tại chùa Xá Lợi năm 1963

Đêm 21-8-1963, trong cuộc tấn công của chính quyền Ngô Đình Diệm vào chùa Xá Lợi, Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết, lúc này đang có mặt cùng với chư vị lãnh đạo Ủy ban Liên phái, bị tấn công và bị thương nơi mắt trái. Trong điếu văn được đọc trước giờ nhập tháp của ngài đã ghi lại những dòng cảm niệm đầy xúc động về sự kiện này: “Chúng con quên sao được khi tấm thân gầy yếu của Hòa thượng đã đầy thương tích trong đêm pháp nạn 20-8-1963. Trong hơn một thế hệ, cuộc sống của Hòa thượng là cuộc sống của Đạo pháp, nỗi vui buồn của Hòa thượng là nỗi vui buồn của thế nhân, trong chuỗi thời gian dằng dặc cả dân tộc chịu đựng quá nhiều thống khổ đắng cay cho nên Hòa thượng những mong cho quốc gia thái bình và chúng sinh an lạc. Niềm ước mong đó Hòa thượng đã thể hiện trọn vẹn trong khổ hạnh tu trì, cầu mong tế độ”. (Trích tập san Bát Nhã, số đặc biệt tháng 2 năm Quý Sửu - 1973)

Ngày 31-12-1963, Đại hội Phật giáo Việt Nam thống nhất được khai mạc tại chùa Xá Lợi. Đại hội đã đi đến quyết định thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất, Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết được suy tôn vào ngôi vị Tăng thống. Chùa Ấn Quang được chọn làm trụ sở của Giáo hội. Lúc này, Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết được cung thỉnh rời Huế vào Sài Gòn để chu toàn Phật sự.

Hình ảnh Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết trong lễ tái suy tôn Hội chủ trong Đại hội Phật giáo Việt Nam kỳ III năm 1957 - Ảnh: Tư liệu Thư viện Huệ Quang

Sau đó, trong suốt gần 10 năm trên ngôi vị Tăng thống, ngài hầu như an trú tại Sài Gòn, ở tại chùa Ấn Quang - nơi đặt Viện Tăng thống và sau này là Quảng Hương Già Lam (Gò Vấp) - nơi đặt cơ sở Phật học viện Trung phần do Hòa thượng Thích Trí Thủ làm Giám viện.

Ngày 22-11-1964, Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết quang lâm chứng minh lễ thành lập Viện Đại học Vạn Hạnh, được nâng cấp từ Viện Cao đẳng Phật học Sài Gòn, do Hòa thượng Thích Minh Châu làm Viện trưởng.

Đầu năm 1965, cơ sở mới Viện Đại học Vạn Hạnh - cơ sở giáo dục cấp đại học đầu tiên của Phật giáo Việt Nam được khởi công xây dựng tại số 222 Trương Minh Giảng (nay là đường Lê Văn Sỹ, Q.3). Đại lão Hòa thượng cũng đã quang lâm chứng minh cho sự kiện trọng đại này.

Ngày rằm tháng 11-Nhâm Tý (1972), trong khi đang an trú tại Quảng Hương Già Lam, Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết quyết liệt bày tỏ ý muốn trở về Huế. Trong lễ tiễn đưa ngài về Huế, Hòa thượng Thích Thiện Hoa có bạch: “Xin cung thỉnh Đức Tăng thống sau khi về thăm cố đô ít ngày, rồi xin ngài trở lại thủ đô để lãnh đạo Giáo hội.” Ngài nghiễm nhiên đáp: “Thôi, tôi không vô nữa”. Đây cũng là chuyến đi lần cuối cùng của Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết giữa hai vùng đất Sài Gòn và Huế.

Ngày 23 tháng Giêng năm Quý Sửu (1973), Đại lão Hòa thượng Thích Tịnh Khiết viên tịch.