Chùa Pháp Nguyên từ khi thành lập cho đến nay đã hơn 1300 năm. Theo lịch sử chùa Pháp Nguyên được khởi công từ đời Đường , lúc đầu có tên là Lân Trung Tự. Năm Trinh Quán thứ 19 (TL 645), Vua Đường Thái Tông Lý Thế Dân vì muốn tưởng niệm vong linh của các tướng sĩ đã hi sinh trong trận Bắc Trưng ở Liêu Đông nên hạ lệnh lập chùa tại đây, tuy nhiên công trình vẫn chưa được hoàn thành như nguyện. Đến năm đầu Võ Tắc Thiên hiệu Vạn Tuế Thông Thiên (TL 696) mới hoàn thành, đặt tên chùa là Lân Trung Các. Chùa rất hùng vĩ, được xưng là " Lân Trung cao các, khử thiên nhất ốc " (tạm dịch: Lân Trung lầu cao tột, che khuất một khoảng trời.) Liêu Thanh Ninh năm thứ 3 (TL 1057), khi trận động đất U Châu xảy ra, Lân Trung Tự bị hủy diệt. Đến Liêu Hàm Ung năm thứ 6 (TL 1070) được trùng tu lại và đổi tên là " Đại Các Trung Tự ", từ đó, tạo nên qui mô và kiểu dáng như ngày hôm nay. Nhà Minh, Chánh Thống năm thứ 2 (TL 1437 ), Pháp Sư Tương Dung quyên tiền tu sửa lại, đổi tên là "Tông Phú Tự ".


Sau khi nhà Thanh dựng nước, triều đình rất sùng bái giới luật, và tổ chức giới đàn tại đây. Ung Chính năm thứ12 ( TL 1734 ), chùa này được định danh là ngôi chùa của luật tông, lưu truyền giới pháp, và chính thức lấy tên là Pháp Nguyên Tự.