Năm 1931, Phật tử Diệu Huấn là Hội trưởng Hội Phụ nữ Phật tử đương thời đã cung thỉnh Trưởng lão Hòa thượng Thích Chính Tạo đang trụ trì chùa Phổ Quang (Q.Tân Bình) về tiếp nhận và trụ trì chùa Dược Sư. Với tâm nguyện và đức độ của cụ tổ, sinh hoạt tại bổn tự ngày càng phát triển.

Tiếp nối Hòa thượng Chính Tạo trong việc xây dựng và phát triển chùa Dược Sư có các vị: Trưởng lão Hòa thượng Thích Đức Hạnh, Đại đức Thích Quang Hào, Sư bà Đàm Soạn, Sư bà Đàm Minh… Qua các thế hệ trụ trì, từ một ngôi chùa nhỏ của dân làng, chùa Dược Sư từng bước trở thành một chốn già-lam trang nghiêm tố hảo.

Năm 1952, Ni trường Từ Nghiêm bị hỏa hoạn, điều kiện sinh hoạt của Ni chúng tại đây gặp nhiều khó khăn. Trước nhu cầu cấp thiết này, Sư bà Đàm Minh cùng Phật tử Diệu Huấn đã cung thỉnh Trưởng lão Hòa thượng Thích Thiện Hòa tiếp nhận chùa Dược Sư để làm trú xứ cho chư Ni.

Sau khi hứa khả, Trưởng lão Hòa thượng Thích Thiện Hòa bắt đầu kiến thiết chùa Dược Sư theo mô hình Ni trường với đầy đủ cơ sở vật chất như: lớp học, Ni xá, nhà trù, nhà khách… Một phần Ni chúng ở Từ Nghiêm được chuyển về sinh hoạt tại đây. Đó cũng là cột mốc đánh dấu một thời kỳ phát triển mới của chùa Dược Sư.

Năm 1956, Ni bộ Nam Việt được thành lập, quý Hòa thượng trong Ban Giám đốc chuyển giao hoàn toàn Ni trường Dược Sư cho Ni bộ quản lý; quý ngài chỉ làm cố vấn, ủng hộ về mặt tinh thần và quang lâm giảng dạy khi cần thiết.

Năm 1957, Giáo hội Tăng-già Nam Việt mở khóa bồi dưỡng trụ trì trong 3 tháng an cư. Chư Tăng tham dự tu học tại chùa Pháp Hội, chư Ni tu học tại Ni trường Dược Sư. Có 60 vị Ni tham dự khóa bồi dưỡng này. Đây cũng là khóa bồi dưỡng đầu tiên nhằm truyền đạt kiến thức và kinh nghiệm trụ trì cho chư Ni.

Thời gian này, Ni sinh tu học tại Ni trường Dược Sư có hơn 100 vị, các lớp học đều đặn tổ chức ngày hai buổi. Các môn học gồm có: giáo lý, hành chánh, diễn giảng, nghi lễ, tổ chức… Trường được mở rộng, xây cất thêm phần giảng đường. Ni chúng ngoài việc học nội điển còn tham gia công tác xã hội, như mở phòng thuốc, thành lập ký nhi viện…

Trải qua nhiều năm phát triển, chùa Dược Sư trở thành một Ni trường lớn và danh tiếng tại TP.HCM. Ni trường Dược Sư đã tài bồi nên nhiều bậc Ni lưu đạo cao đức trọng “thừa đương di huấn, kế vãng khai lai”, giữ gìn truyền thống và phát huy những giá trị tâm linh cao đẹp. Điều này đã tạo nên sức sống của Ni trường Dược Sư, để chư Ni xuất thân tại đây đều tự hào và biết ơn sâu sắc.

Giai đoạn 2000-2022, Ni trưởng Thích nữ Như Đức đảm nhiệm trụ trì Ni trường Dược Sư. Cố Ni trưởng Thích nữ Như Đức xuất thân trong gia đình trung lưu gia giáo. Có cơ duyên sâu dày với Tam bảo từ thuở ấu thơ, năm 17 tuổi, Ni trưởng xuất gia với Hòa thượng BổnChơn Trí Linh, trụ trì chùa Vĩnh Thành (Bến Tre), được ban pháp danh Giác Tăng. Sau khi Hòa thượng Bổn sư viên tịch, Ni trưởng đến chùa An Phước, tỉnh Bến Tre cầu pháp với Hòa thượng Hồng Liên. Sau đó Hòa thượng cho y chỉ với Sư bà Hồng Nhạn Diệu Minh chùa Bạch Vân (Bến Tre), được Sư bà truyền pháp với húy là Nhựt Đức, hiệu Như Đức.

Sau đó, Ni trưởng được Sư bà gởi về chùa Dược Sư tu học vào năm 1959. Năm 1968, sau khi mãn khóa Cao - Trung I và II, Ni trưởng trúng tuyển Đại học Vạn Hạnh. Đồng hành với Ni trường Dược Sư qua bao năm tháng, Ni trưởng luôn cùng chư tôn đức Ni trong Ban Giám viện điều hành mọi Phật sự tại Ni trường.

Đối với sự nghiệp giáo dục Phật học, Ni trưởng được Ban Giám hiệu Trường Cao cấp Phật học tại TP.HCM mời làm Giáo thọ môn Luật học Ni giới. Vì nhân duyên này, Ni trưởng dịch bộ Tứ phần Tỳ-kheo-ni. Năm 1992, Trường Cơ bản Phật học TP.HCM thỉnh Ni trưởng dạy môn Luật học Ni giới xuyên suốt các khóa liên tiếp, Ni trưởng biên soạn Tỳ-kheo-ni giới bổn yếu giải, ngắn gọn và dễ hiểu để chư Ni tiện bề học tập. Vì tinh thông Luật học nên Ni trưởng thường được Ni bộ cung thỉnh vào Thập sư các Đại giới đàn của TP.HCM và các tỉnh lân cận.

Sau khi Ni trưởng Thích nữ Như Đức viên tịch, Ni trưởng Thích nữ Như Trí kế vị trụ trì từ năm 2022 cho đến nay.

Từ khi tiếp nhận Phật sự ở Ni trường, với tất cả nhiệt huyết, Ni trưởng Thích nữ Như Trí đã hoàn thành tốt mọi Phật sự, tiếp độ Ni chúng từ khắp nơi về đây tu học, đồng thời hướng dẫn Phật tử tham gia tu học nghiêm túc. Ngoài việc sinh hoạt Phật sự tại bổn tự, Ni trưởng còn tham gia các hoạt động của Giáo hội và đảm nhiệm nhiều cương vị quan trọng như: Phó Trưởng Phân ban Ni giới TP.HCM, Phó Trưởng ban Trị sự GHPGVN Q.Bình Thạnh.

Ngày nay, Ni trường Dược Sư vẫn được biết đến là một Ni trường danh tiếng ở TP.HCM, nơi tiếp nhận và dắt dìu bao thế hệ Ni chúng. Đồng thời, chùa Dược Sư cũng là địa điểm tổ chức nhiều Đại lễ, sự kiện quan trọng của Phật giáo Q.Bình Thạnh. Với truyền thống đó, Ni trường Dược Sư luôn là nơi hàm dưỡng cho Ni chúng được tu học như pháp, và là đạo tràng tu học trang nghiêm cho Phật tử các giới.