Để tới Ngọa Vân du khách phải vượt qua một quãng đường ghập ghềnh, khúc khuỷu và khi đứng trên đỉnh núi Bảo Đài quanh năm mây bao phủ, người ta sẽ cảm thấy gần với thiên nhiên hơn, như Trần Nhân Tông từng viết: “Non hoang, rừng rậm ấy là nơi đạo sĩ tiêu dao/ Chiều vắng âm thanh, chính thực cảnh đạo nhân du hí”.
Chùa Ngọa Vân ban đầu chỉ là một am nhỏ. Trong tài liệu ghi chép về “sơ đồ lăng tẩm triều Trần” có đoạn “Chùa Ngọa Vân ở núi Yên Tử là lăng Nhân Tôn. Phía trước có một voi đá, một ngựa đá, phía trước bên trái là đá niết bàn dài 1 trượng 2 thước 5 tấc... Phía phải là ngôi chùa ba gian lợp ngói, trước chùa cây cối hoa cỏ xanh tốt”. Trong văn bia trùng tu chùa Ngọa Vân vào thời Lê, năm Đinh Hợi, (1707) hiện còn lưu giữ trước cửa chùa có ghi: “Chùa là nơi danh tiếng, là di tích thắng cảnh, là chỗ ban bố ân đức, là nơi vắng vẻ thanh tịnh, có muôn loài cây cối xanh tốt, khí thiêng chung đúc, nhà chùa há chẳng là nơi làm nhiều việc tốt để lưu truyền lâu dài hay sao?”. Qua các tài liệu trên thì có thể biết rằng chùa Ngọa Vân đã được xây dựng vào thời Trần, trước khi được tôn tạo lại với qui mô lớn và bề thế vào năm 1707.
Trải qua thời gian, mặc dù phần lớn chùa Ngọa Vân chỉ còn phế tích nhưng các nhà khoa học cũng xác định được chùa Ngọa Vân được bố trí thành ba lớp: lớp cao nhất là am Ngọa Vân. Lớp thứ hai, cách chùa Ngọa Vân về phía tây nam chừng 200m ở độ cao thấp hơn sân chùa hiện tại khoảng 30m có một mặt bằng lớn chừng 1.000m2 (chiều đông - tây 50m, chiều bắc - nam 20m) có một kiến trúc đã mất phần mái chỉ còn 4 bức tường có trổ cửa sổ nhỏ, trên cửa còn đọc được chữ Hán “Ngọa Vân tự” - tức chùa Ngọa Vân. Trên mặt bằng khu vực này còn xuất lộ nhiều dấu vết kiến trúc có niên đại sớm hơn như những hàng đá xây bó vỉa theo chiều đông - tây; những lớp móng nền đầm gạch và ngói vụn hình ngói mũi lá và ngói mũi hài, gạch các thời Trần, Lê sơ, nhiều tảng đá kế chân cột. Lớp dưới cùng trên đường lên am Ngọa Vân, qua khu vực Đá Chồng còn dấu tích một quần thể kiến trúc gồm 1 ngôi tháp đá đã bị đổ, cửa quay hướng nam (đặc trưng của cấu kiện đá này tương đồng với hai ngôi tháp ở chùa Ngọa Vân). Cách tháp đá này 20m là một dấu tích kiến trúc chữ “nhị”, ở hai cấp nền chênh nhau 1,5m, diện tích rộng 30 m2 có 4 hàng cột với 6 vì 5 gian, trên nền còn những chân tảng đá khá nguyên vẹn và vô số ngói mũi hài thời Lê.
Các kết quả khai quật của các nhà khảo cổ mới đây đã thêm cơ sở để khẳng định chùa Ngọa Vân có từ thời Trần, do Phật tổ Trần Nhân Tông khởi công xây dựng, gắn liền với cuộc đời tu hành,viên tịch của ngài, gắn bó chặt chẽ với khu di tích Yên Tử. Vì vậy mà thế hệ chúng ta cần phải quan tâm đầu tư tôn tạo.