Chùa Huyền Thiên được khởi dựng vào thời Lý. Xưa kia, chùa là một trong tứ quán của kinh thành Thăng Long, bao gồm: Trấn Vũ (Quán Thánh), Huyền Thiên, Đồng Thiên (đền Kim Cổ) và Đế Thích (chùa Vua).
Đất chùa trước đây nằm trên một bán đảo có hình vành khuyên, được bao quanh bởi hồ Tay Ngai, tạo thành thế quy xà hội tụ. Trên bán đảo có hai giếng Tiên rất đẹp. Tục truyền có lần Huyền Thiên đại đế qua đây, thấy cảnh đẹp nên đã dừng lại tắm ở giếng này và phù trợ cho dân trong vùng. Sau đấy, dân lập quán thờ ngài.
Quán Huyền Thiên cũng được gọi là chùa bởi nơi đây vừa thờ Thần, vừa thờ Phật và thờ Mẫu. Điều này thể hiện tinh thần tam giáo đồng nguyên của người Việt.
Chùa Huyền Thiên là một danh lam thắng cảnh tuyệt vời của Thăng Long – Hà Nội xưa. Tiếc rằng vào thời Pháp đô hộ, chính quyền thuộc địa đã cho lấp hồ Tay Ngai để mở mang phố xá, làm mất đi vẻ đẹp thơ mộng của chùa.
Ngày nay, chùa Huyền Thiên toạ lạc ở số 54, phố Hàng Khoai, quận Hoàn Kiếm, Hà Nội. Lọt thỏm trong khu dân cư đông đúc của phố cổ, chùa nằm đối diện với chợ Đồng Xuân, một khu chợ có lịch sử lâu đời và cũng là trung tâm buôn bán lớn của Hà Nội.
Nhìn từ phía ngoài, chùa Huyền Thiên như bị chìm lấp bởi cảnh chợ búa tấp nập, huyên náo. Nhưng bước vào bên trong chùa, khách thập phương có thể sẽ ngạc nhiên trước một khoảng không gian hoàn toàn trái ngược, mang vẻ đẹp thanh tịnh của thắng tích một thời...
Báo Đất Việt đã ghi lại những hình ảnh :